一、股东与股东之间因出资产生的股权确认纠纷。
股东与股东之间因出资产生的股权确认纠纷通常是指隐名出资的情况，即一般股东以他人名义出资，由他人作为挂名股东，但实际出资资金来源于该隐名股东。隐名股东与挂名股东之间签订隐名出资协议，约定挂名股东不享有实际权利，一切权利归隐名股东所有。当双方就隐名出资协议的效力发生争议时，就会出现股东确认纠纷。
二、股东与股东之间因股权转让产生的股权确认纠纷。
股权转让双方因为过失或者其他原因，在股权转上过程中没有履行法定的变更登记手续，或者没有交付股票或出资证明书。依据《公司法》的规定，公司股东名字须记载于股东名册。有限责任公司股东名字还须记载于公司章程，并属于工商登记事项。股份有限公司发起人名字为工商登记事项和公司章程应记载事项。在确认股东身份时，以上述文书或登记簿为准。因此，当股东转让股权时，必须按照上述规定作相应的变更登记。如果未变更登记，日后就可能发生股权确认纠纷。再者，无记名股票具有证权证券的性质，股东可以凭借其所持有的无记名股票向公司主张股权，如果无记名股东转让股权时未交付无记名股票，则受让人无法证明其股权之存在，从而可能发生股权确认纠纷。
三、股东与公司之间的股权确认纠纷。
有时股东与他人之间不存在股权归属争议，但公司不承认股东享有股权。《公司法》规定公司应当备置股东名册，股东可以凭借股东名册上的记载，证明其股东身份，从而向公司主张权利，股东也可以凭借股东名册的记载，向他人主张其股东身份，拒绝他人的不合理请求，如果在出资或者股权转让中没有对股东名册进行相应记载，公司可以拒绝实际出资人或者股权受让人主张股权，这样也会产生纠纷引发诉讼。
解决股权确认纠纷的部分依据有：《中华人民共和国公司法》第三十二条规定， 【出资证明书】有限责任公司成立后，应当向股东签发出资证明书。该法第三十三条规定， 【股东名册】有限责任公司应当置备股东名册。该法第七十二条规定， 【股权转让】 有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权;不购买的，视为同意转让。经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例;协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。[page]
第三十五条规定， 有限责任公司股东转让股权的，应当自转让股权之日起30日内申请变更登记，并应当提交新股东的主体资格证明或者自然人身份证明。有限责任公司的自然人股东死亡后，其合法继承人继承股东资格的，公司应当依照前款规定申请变更登记。有限责任公司的股东或者股份有限公司的发起人改变姓名或者名称的，应当自改变姓名或者名称之日起30日内申请变更登记。